L’un des thèmes ayant émergé durant les premiers ateliers de l’axe 2 concerne l’influence de la flore microbienne sur les relations hôte-pathogènes. Cette thématique émergente a soulevé de nombreuses questions connexes lors de cette 3ème réunion :
Comment fonctionne la flore ?
Quelle est sa dynamique spatio-temporelle, sa résilience face à des perturbations, son héritabilité… ?
Comment l’histoire de vie des individus affecte sa composition ?
L’action de la flore s’exerce-t-elle comme une barrière contre l’établissement d’un pathogène ou comme un régulateur de l’expression de sa virulence ?
L’influence de la flore sur les pathogènes est-elle médiée par des interactions directes entre les agents (via des mécanismes de type quorum-sensing par exemple) ou bien par les conditions physico-chimiques qu’elle génère ? Dans la dernière hypothèse, des flores très différentes peuvent-elles aboutir à des environnements très similaires donnant lieu à l’émergence de pathogènes ?

Afin d’aborder ces différentes questions, le groupe de travail a dressé une première liste des méthodes existantes de caractérisation de la flore en considérant trois catégories :
- l’identification sans a priori : culture, barcoding, métagénomique, puces ;
- l’identification au niveau fonctionnel : méta-transcriptomique, méta-protéomique, méta-bolomique ;
- l’identification au niveau phénotypique : conditions physico-chimiques (pH, etc.), profil immunologique de l’hôte, analyse de la virulence.

Suite à ce panorama, d’autres questions ont émergé : comment travailler expérimentalement sur la flore qui est très mouvante ? A partir de quels échantillons ? Faut-il faire du profilage ?
Une fois la caractérisation de la flore réalisée, comment modéliser cette complexité ? Quels sont les challenges méthodologiques à relever ?

De nombreuses questions restent à ce jour en suspens et feront certainement l’objet de prochains débats.

Contacts : François Gueyffier, Anna Salvetti et Fabrice Vavre