Les liens et interactions d’ECOFECT avec le milieu socio-économique local et national pourront se développer par le biais des partenariats industriels existants d’une part, et de l’ensemble des réseaux de chaque équipe d’autre part. Le CIRI, nouvellement créé, va permettre la rencontre des communautés de la recherche et de la clinique dans le domaine de l’infectiologie ; centre majeur de la discipline, il sera une interface naturelle avec le monde industriel.

ECOFECT souhaite augmenter le nombre de ses projets de recherche partenariale et utilisera pour cela l’ensemble des outils disponibles : financements de recherche appliquée, appels à projets thématiques, bourses CIFRE, collaborations… L’accroissement du nombre de projets et du réseau tissé permettra d’assurer le déploiement du LabEx, et ainsi d’impacter sur les potentiels d’emploi dans l'industrie en favorisant l’innovation.
Par ailleurs, les résultats relatifs à la gestion des populations de la faune sauvage se feront préférentiellement en partenariat avec l’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage et les industriels du domaine vétérinaire tels que le numéro un mondial Merial.

ECOFECT veillera à valoriser les travaux issus de sa recherche et contribuera à favoriser et à accélérer l’établissement de nouveaux partenariats industriels en vue de développements préindustriels, du transfert de savoir-faire, de technologies sous la forme de concessions de licences de brevet, de logiciel ou la création de startups.

Sensibilisés à la propriété intellectuelle et au transfert de technologie, les partenaires d’ECOFECT ont déposé de nombreux brevets (26 demandes de brevets déposées au cours des 5 dernières années) et leurs travaux ont donné lieu à la création de start-ups (par exemple : Epixis, Calixar, Voxcan) antérieure à la formation du LabEx.